근로기준법상 연차휴가는 1년간 8할이상 출근한 근로자에게 사후적으로 부여되는 권리이다. 1년 미만 근로자의 경우 1개월 근무시 1일의 연차가 부여된다.
하지만 생성된 연차를 모두 사용하였거나 입사한지 얼마 되지 않아 생성된 연차가 없는 경우 부득이한 사유로 추가 휴가가 필요한 경우가 발생한다. 이러한 상황에서 실질적으로 무급휴가나 병원의 복리후생정책으로 마이너스연차를 운영하기도 한다. 
연차가 없는 상황에서의 직원의 연차 신청 모두 받아들여야할까?신청 가능 사유나 사용한도 등 명확한 기준을 마련하고 기준 안에서 적용하여 예외상황을 최소화하는 것이 필요하다.
1. 건강상의 이유로 출근이 어려운 경우별도의 병가제도가 없는 경우 연차 또는 무급휴가 처리하는 것이 일반적이다. 근무하기 어려운 컨디션이나 전파가능성이 있는 질병의 경우 우선 승인하여 마이너스 연차로 처리하여 직원을 쉬게 해주는 것이 필요하다. 이는 해당 직원의 빠른 회복과 다른 직원들의 안전을 위해서도 중요한 조치이다. 건강상의 이유로 근로할 수 없는 경우 진료확인서 제출 등을 원칙으로 한다.
2. 개인 사유로 인한 추가 휴가 필요시여행, 경조사 등 개인 일정으로 인한 추가 휴가가 필요한 경우 사용 한도 및 기준을 토대로 처리하는 것을 권장한다. 예로 분기별 최대 3일(연간 최대 12일) 등의 기준을 마련하여 무분별한 마이너스 휴가 사용을 줄이는 것이다. 연차를 모두 소진한 후 추가 신청하는 것으로 병원 운영기준에 맞게 논의 하여 결정한다.
3. 정산 방법 및 정산 시기 1) 새로운 연차 생성시 차감 적용예) 연초 일괄 연차 생성, 직원별 입사일로 연차 생성 등
2) 무급휴가 적용으로 급여에 반영
위의 두가지 정산 방법에 대해 마이너스 연차 사용 전 연차 생성 일수, 사용 일수 및 사유는 개인별로 정확히 기록하여 정산 방법에 대해 안내 및 서면 동의를 받아두는 것이 법적 문제를 최소화할 수 있다. 이를 위해서는 구두가 아닌 휴가 신청서와 관련 서류를 받아두어야 한다.
4. 연차 생성 기준무급휴가, 마이너스 연차 처리되더라도 1년에 8할이상 근무 조건이 충족하면 연차가 생성된다. 이때 '1년의 8할'은 365일이 아니라 근로 의무가 있는 날을 기준으로 계산한다.
마이너스연차 또는 무급휴가는 복리후생차원에서 운영되는 제도로 근로기준법상의 연차휴가와는 별도의 개념이다. 향후 생성될 연차휴가에서 차감되거나 무급휴가로 급여에 적용하는 방법이다. 그렇기에 정확한 사용조건 및 정산방법을 마련해두어 문제 발생 가능성을 없애는 것이 필요하다.
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